Papier opakowaniowy jest materiałem porowatym; jego podstawowa struktura składa się z włókien roślinnych i dodatków pomocniczych, które nadają mu silne właściwości hydrofilowe. Papier pod wpływem wilgoci ulega deformacji; w ciężkich przypadkach mogą powstawać na nim plamy pleśniowe, a podczas przechowywania jest podatny na odbarwienia i zmniejszenie wytrzymałości na rozciąganie.
Magazyny muszą być suche, a poziom wilgotności otoczenia powinien być ściśle kontrolowany. Podczas układania papieru należy go podnieść za pomocą drewnianych podkładów-umieszczonych około 25 mm nad podłogą-i zachować odpowiednią odległość od ścian. Pomiędzy paletami należy zachować znaczne odstępy, aby zapewnić odpowiednią wentylację. Po ułożeniu papier i palety należy bezpiecznie owinąć folią stretch. Należy okresowo sprawdzać zapasy,-zwracając szczególną uwagę na stan-najniższych palet-i należy ściśle przestrzegać zasady „pierwsze przyszło, pierwsze-wyszło” (FIFO), aby zapobiec zniszczeniu papieru spowodowanemu długotrwałym przechowywaniem. Podczas użytkowania,-zwłaszcza po rozcięciu lub w trakcie procesu drukowania,-wszelkie resztki papieru lub niewykorzystany papier należy natychmiast owinąć folią stretch, aby chronić je przed wilgocią.
Podczas transportu delikatnych przedmiotów zmięty papier opakowaniowy można wykorzystać jako materiał-wypełniający puste przestrzenie w kontenerze transportowym, zapobiegając w ten sposób przemieszczaniu się przedmiotów i zarysowaniom powierzchni [16]. Pudła kartonowe wykonane z papieru opakowaniowego również wymagają zabezpieczenia przed wilgocią; ponadto, biorąc pod uwagę ich niską temperaturę zapłonu, podczas przechowywania należy przestrzegać specjalnych środków bezpieczeństwa przeciwpożarowego. Pudełek kartonowych przeznaczonych do pakowania żywności nie należy używać ponownie, ponieważ stwarza to ryzyko namnażania się bakterii i zagraża bezpieczeństwu żywności.